机箱结构是指机箱在设计和制造时所遵循的主板结构规范标准。每种结构的机箱只能安装该规范所允许的主板类型。机箱结构与主板结构是相对应的关系。机箱结构一般也可分为AT、Baby-AT、ATX、Micro ATX、LPX、NLX、Flex ATX、EATX、WATX以及BTX等结构。
其中，AT和Baby-AT是多年前的老机箱结构，现在已经淘汰；而LPX、NLX、Flex ATX则是ATX的变种，多见于国外的品牌机，国内尚不多见；EATX和WATX则多用于服务器/工作站机箱；ATX则是目前市场上最常见的机箱结构，扩展插槽和驱动器仓位较多，扩展槽数可多达7个，而3.5英寸和5.25英寸驱动器仓位也分别至少达到3个或更多，现在的大多数机箱都采用此结构；Micro ATX又称Mini ATX，是ATX结构的简化版，就是常说的“迷你机箱”，扩展插槽和驱动器仓位较少，扩展槽数通常在4个或更少，而3.5英寸和5.25英寸驱动器仓位也分别只有2个或更少，多用于品牌机；而BTX则是下一代的机箱结构。
各种结构的机箱只能安装与其相对应的主板（向下兼容的机箱除外，例如ATX机箱除了可以安装ATX主板之外，还可以安装Baby-AT、Micro-ATX等结构的主板）。因此，在选购机箱时要注意根据自己的主板结构类型来选购，以免出现购买回来的机箱却无法使用的情况.