木马和蠕虫有相似的地方，都是程序，都运行在目标机器上，并且目前的程序，有木马和蠕虫甚至和病毒相结合的趋势。
不过只要是木马和蠕虫，没有病毒的特征，那么，至少，它不会感染文件，如果感染的话，也是文件完全被木马和蠕虫所代替，而原来文件本身，因为木马和蠕虫要隐藏自己，这个文件必然还要保留以实现本身的功能，所以一般是被他们改名或移动位置。
根据以上特点，所以，木马和蠕虫在一般情况下，是可以手动清除的，个别比如某些版本的求职信，某些版本的冰河，都带有寄生功能，所以，手动清除是不可能了，这些就要跟病毒的清除方法一样了，不再多说。
既然木马和蠕虫，都要在目标机器上运行，我们就看看，他们一般都采取什么方法。
1.注册表
注册表里，也是最多的一种，在HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run，或者runonce，runservice，runserivceonce；或者在HKEY_CURRENT_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run。runonce，runservice,runserviceonce。
并且运行以run和runservice为多，因为带once的，运行了就从里面删除掉了，要想再运行，就要在关闭系统的时候，再加上，这样的程序有好处也有坏处，好处是看不到注册表里的运行痕迹，但坏处是，如果对方不正常关机，那就没办法加载了，不过这些程序不会用一种方法的，所以这种情况也可能出现。
2.服务
运行在服务里，也是很好的方法，并且服务里运行的东西也很多，不是非常熟悉的话，的确很难判断哪个是木马或蠕虫程序。
3.文件关联
如果放在注册表的run里面，也是容易被发现并且删除的，所以，他们一般采取的备用措施都是关联文件，很多都是关联txt或exe文件，只要你打开这些文件，备用程序就会运行，并且再生成服务文件。
4.在system.ini的shell里
shell=eXPlorer，这个是默认的，不过有些程序会修改这里
或者是shell=其他程序，或者是shell=explorer，其他程序
后者的好处是，运行后隐藏在explorer的进程里了，在进程列表里不好找到。
5.win.ini里的load和run
这里也是加载东西的好地方
知道了如何运行，就可以针对性的清除了。
首先，运行regedit，如果这个时候不能运行，那就可能是exe文件被关联了，并且关联文件有问题，如果可以运行，还好说点，这个时候察看进程，把可疑的进程终止掉，这个顺序的用意是，防止关联文件重新启动程序。
终止掉后，察看上面说的地方，是否有可疑的程序存在，有则删除之，不能确定的话，有个简单判断方法，因为木马程序为了隐藏自己，一般用了比较隐蔽的图标，而这个又暴露了他自己，比如你看到运行里的程序，图标居然是个文本文件的图标，这肯定不对，因为文本文件图标本身不可能在自动运行里面的。
删除之前纪录下文件位置，删除后，找到文件，删除之，如果不能删除，那么就还在运行，也就是刚才进程里面没有终止掉，或者没在进程里，看看服务里有没有相关的部分，然后停止或者删除。如果文件不能删除，下次启动到安全模式，把文件删除。
察看txt和exe等等文件的关联，恢复默认设置，有的是修改dll文件的打开方式的，也修改回去。有的人要问了，这么多文件关联，如何看的出来呢？
其实，你删除文件并且重新启动后，看看那些删除掉的东西是否有死灰复燃了，通过这些，很容易判断是通过什么方式重新加载的。
察看上面说的其他地方，是否有了变化，因为其他地方变化是很容易看的出来的，修改并且删除相关文件。
在执行完了这些东西后，我们再重起一次计算机，察看是否还有问题，如果还有，就要进一步检查了。
有的程序比较黑，让你无法判断，进程里没什么太大变化，比如你看到运行里有c:\windows\system\scanregw.exe，你会怎么办？其实，这样的程序如果熟悉，就会知道了，scanregw文件是在windows目录，而不是system目录，所以察看的时候，一定要注意目录是否正确。还有的程序，是把原来程序替换掉，然后自己代替位置，不过一般会把原来程序改名或移动位置的，比如QQ密码盗贼，就是替换掉了输入法，这个也是比较容易判断的，可以察看运行里的正常程序的文件时间，文件大小来判断是否已经被替换，可以通过系统文件检查器来协助完成。
现在蠕虫很多通过scripts来调用，很多是通过系统漏洞，这个可以通过补丁来解决。
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现在拿我第一次清除新happy病毒(VBS.KJ)的过程，来介绍一下，因为当时它刚出现，所以具体症状和发作都没看资料，所以应该会对大家有点帮助吧。
在我察看的时候，首先打开注册表，查看了进程，看到几个可疑的，终止掉，看到注册表里运行中有kernel.dll，查找到文件，删除掉，删除之前我多了个心眼，察看了下这个文件内容，是scripts的，可见dll文件关联被修改了，回去找到dllfiles，把里面的东西按照正常的键值修改回来。这个程序主要是还生成了很多desktop.ini和folder.htt，取消按web页查看，防止察看的时候运行里面程序，查找文件，并且删除掉时间比较新的那些。重新启动，然后察看注册表里被我修改了的东西，是否有变化，没有变化，进程里也正常，本次查杀过程结束。
另外一次也很有代表性，系统98，在一次玩游戏的时候，FTP2000看到进程里有个qq密码盗贼1.2版，现在就介绍这个程序的查杀过程。
查看进程，注册表，删除掉可疑的东西以及文件，基本操作跟上面差不多，重新启动计算机后，居然它又出现了，重新上面步骤，重新启动到安全模式，这次没有出现，察看注册表，也没什么可疑的。
这个时候想到是否替换了文件，目光放到了internat.exe文件，也就是输入法文件。查找文件，居然找到了三个，其中两个文件大小一样，另外一个大小不同，时间也不一样，当然，有一个扩展名非exe，扩展名是什么现在也忘了，不好意思，把这个不是exe的改回exe，其他文件改名备份，修改完后，重新启动，这个时候，进程里没有了这个文件，说明他就是利用了输入法这个程序做掩护来运行的，然后把备份的文件删除，这次查杀结束
（出处：http://www.sheup.com）
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