电脑启动以后再开杀毒有没有大碍

我有一个软件必须在电脑启动的时候自动启动(不然就失去其作用了)，如果每次跟杀毒一起启动的话系统要卡上好一会，现在我打算等这个软件启动好了再手动启动杀毒，不知道这样会不会降低病毒防护的力度？