如何解决盘符交错

问：我有两个硬盘，一个是40GB的做主盘(分了4个区)，一个是20GB的做从盘(分了3个区)。原来安装了Win98系统，最近又安装Win2000，但是在Win2000中两个硬盘的盘符会交错，可是在Win98中是正常的(我是通过分区魔术师软件把20GB硬盘上的主分区变成了扩展分区)。请问怎样才能在Win2000中使两个硬盘的盘符不会交错？