一般情况下，在整理了磁盘碎片后，会发现碎片整理报告中有一项：“未经过碎片整理的文件”，那下面常常会列出一长串没有被整理的文件名。这些未被整理的碎片大都是正处于运行状态的系统文件，而操作系统是不允许移动这些文件的。
如果想更彻底进行磁盘碎片整理，可以把系统启动到“安全模式”状态下整理。因为当系统启动到“安全模式”状态下时，只会加载必需的驱动程序和系统文件，而不会加载其他多余的程序。而且操作系统在“安全模式”下占用的内存空间较少，就会有更多的内存用来碎片整理，提高整理速度。